Per il Parco la conservazione della natura è un obiettivo fondamentale ed alcune riserve integrali hanno come unico scopo la tutela assoluta di porzioni di territorio montano: è il caso della Riserva Integrale di Sasso Fratino, dove sono presenti numerosi alberi monumentali e si può accedere solo per motivi di ricerca scientifica. Nei pressi di Camaldoli sorge il possente Castagno Miraglia, vecchio di almeno 500 anni e completamente cavo all'interno. Il castagno Miraglia è alto circa venti metri ed ha una circonferenza di nove. Alla Verna è presente una suggestiva foresta monumentale di faggio e abete bianco, così come nella Foresta della Lama, di Campigna e nei dintorni di Badia Prataglia dove esiste un arboreto con piante ultrasecolari.