Il Direttore è l'unico dirigente dell'Ente e non è compreso nella pianta organica. Ai sensi dell'art. 9 comma 11 della Legge 394/91 e SS. MM. e II. il Direttore del Parco è nominato con decreto del Ministro dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare, scelto in una rosa di tre candidati proposta dal consiglio direttivo da soggetti iscritti ad un albo di idonei all'esercizio dell'attivita' di direttore di parco istituito presso il Ministero dell'ambiente, al quale si accede mediante procedura concorsuale per titoli.